В самом здании Бакстера тоже происходят события. Там, Доктор Харви Элдер, пытается, вместе со Сью, создать искусственную жизнь Молоидов. В это время отношения Бена и Рида становятся прохладными, и в итоге Бен оставляет друга и уходит в армию. 

Когда Рид и Виктор наконец-то создают Квантовые Ворота, то они получают от начальства запрет на их использование. Из-за этого ученые лишаются на авантюру: проникнуть в Негативную Зону под покровом ночи. Рид зовет на подмогу Бена, которому все еще доверяет сильнее всех, пускай их отношения и стали более натянутыми. Сью и Джонни остаются на Земле контролировать процесс телепортации. Бен получает обещание, что именно он станет первым человеком, кто ступит по ту сторону портала. 

Согласно изначальному сценарию, Квантовые Ворота являют собой нечто большее, чем просто портал. Это – разрыв, через который на гидравлической тяге перемещается модуль с учеными.
По прибытии в Негативную Зону Виктор впервые являет свою истинную сущность, отталкивая Бена и лишая его права быть первопроходцем в другом измерении.

То, что обнаруживают путешественники, тоже разительно отличается от финала. Вместо пустынного измерения они видят разрушенный инопланетный город, усеянный телами и скелетами его жителей. Все они негуманоидного происхождения. Команда натыкается на некое подобие амфитеатра, где они встречают нечто огромное, носящее броню с двумя лезвиями, исходящими от его шлема.

Это Галактус. Он начинает преследовать героев, стреляя из своих рук сгустками Темной Материи. Он убивает Виктора. Бен и Рид, добравшись до модуля, обнаруживают, что портал не работает. Сью удается починить Ворота в тот момент, когда Галактус настигает друзей. Он выстреливает Темной Материей в Квантовые Ворота, создавая внезапную реакцию, которая поразила всю команду. Рида и Бена – внутри модуля, Джонни и Сью – в лаборатории.

Сцены приобретения способностей являются очень реалистичными. Джонни кричит, объятый пламенем, Бен заточен в глыбе камня, а Сью становится невидимой с большими анатомическими подробностями — исчезает кожа, обнажая лицевые мышцы и т.д.

После этого происходит скачок на четыре года. У Джонни собственное (пускай уже и теряющее популярность) реалити-шоу. Сью продолжает работу в Здании Бакстера, используя свои способности, чтобы сканировать онкологически больных людей. Доктор Элдер пытается убедить ее вернуться к работе над Молоидами, но Сью дает твердый отказ, боясь военного потенциала их разработки.

Бен Гримм работает на правительство в качестве оружия. Рид же в это время укрывается в Джакарте, угнетаемый чувством вины за произошедшее. Он создает робота – помощника Херби и пытается продать свои концепты Фантастической Машины компании Toyota.

В это время правительство Латверии использует украденные Думом разработки Ричардса, чтобы воссоздать Квантовые Ворота. Они посылают экспедицию сквозь портал. Модуль возвращается весь в крови, а внутри всего один пассажир – Виктор. Он выжил, и его тело полностью состоит из сгустка Темной Материи. Используя приобретённые силы, Доктор Дум убивает правящие верха страны и узурпирует власть в Латверии.

По возвращению в США, мы видим сцену встречи Сью и Бена. Бен укрывается тренчкоутом и шляпой. Он признается Сью, что уже смог принять свой новый облик, но не в силах усмирить ненависть к Риду за то, что тот бросил их. Так же мы узнаем, что Сью пыталась использовать свои разработки, чтобы излечить Бена. Это не сработало.

На Рида в это время совершается нападение. Атакующие солдаты используют оружие, основанное на технологиях самого Ричардса. Рид осознает, что это дело рук Виктора. Собрав свои изобретения, Рид на своем прототипе Фантастической Машины устремляется сквозь океан, чтобы предупредить друзей.

Те же солдаты атакуют и Здание Бакстера. Джонни в этот момент тоже оказывается там, вместе с командой своего телешоу — он хотел уговорить сестру участвовать в съемках вместе с ним, для поднятия рейтингов. Во время штурма Доктор Элдер случайно получает дозу своего же препарата и мутирует в Человека-Крота (отсылка в сторону «Невероятного Халка»?). Солдаты же заряжают Молоида Темной Материей.

Сью и Джонни дают бой солдатам Дума. Особенно в этой сцене выделяется Сью, крайне умело и зрелищно устраняющая противников. В этот момент к ним присоединяется Рид. После происходит просто великолепная сцена. Из под земли вырывается гигантский, облученный Темной Материей, Молоид. Это слышит Бен, стоящий неподалеку и рассматривающий витрину зоомагазина, и устремляется на выручку. Затем следует сцена, полностью копирующая обложку самого первого комикса про Фантастическую Четверку. Молоид проглатывает Бена, и тот пытается вырваться. Когда ему это удается, он видит, что в рот Молоида — и в самого Бена — летит выпущенный Ридом, как из рогатки, автобус, подожженный Джонни.

Последний акт фильма должен был состояться в Латверии. Здесь Доктор Дум создает огромную Пушку Темной Материи. Он собирается уничтожить Галактуса, т.к. в Негативной Зоне заключил с ним сделку, согласно которой он выдает Галактусу расположение Земли. Этот расклад не устраивает Виктора сейчас.

Очень интересно и зрелищно используя свои силы (опять в сценарии выделяется Сью), Фантастическая Четверка вступает в схватку с Доктором Думом. Одолев злодея, команда осознает, что это был на самом деле не Дум, а лишь оболочка, наподобие Думботов. Сам же Виктор, а точнее, его разум, заточен в Негативной Зоне.

Фильм заканчивается сценами, в которых команда рассказывает правительству о приближающемся Пожирателе Миров. Здание Бакстера становится штабом Фантастической Четверки, где они и прочие одаренные дети (Мутанты?) готовятся к грядущей угрозе в лице Галактуса.

Как видно, сценарий был набит под завязку событиями, персонажами и дорогими сценами с использованием спецэффектов. Последнее и могло заставить усомниться студию в проекте. Возможно, был и страх, что не имеющий особого опыта режиссер Джош Транк не сможет собрать такой фильм в единое целое.

Вышел ли бы этот фильм лучше? Этого мы уже не узнаем.

За информацию спасибо сайту http://geekcity.ru.